Хакатон по биоинформатике: как это было

afisha_Dlya_interneta

2 недели назад на Физтехе состоялся – первый в России, по словам организаторов — хакатон по биоинформатике Genehack. Узнать о том, как он прошел можно в выпуске видеожурнала Dark Matter.

Кроме того, предлагаем вашему вниманию текст одного из участников хакатона Алексея Капранова, в котором он рассказывает о своих впечатлениях. Если вы никогда не бывали на хакатонах — узнаете почему это так популярно.


На прошедших космопасхальных выходных несколько организаций со сложными названиями организовали на базе МФТИ уникальный хакатон по биоинформатике, а я в нём поучаствовал.

С хакатонами всё сравнительно понятно — формат уже более-менее устоялся, есть опыт и участия, и организации. В пятницу вечером собрали в одном месте сотню пар горящих глаз, раздали задачки, а в воскресенье подвели итоги.

Новизну внесла тематика. Все задачи были от живых практикующих биологов или биоинформатиков, а аудитория участников, если грубо, поровну состояла из классических персонажей ролевых игр: половина — бородатые программисты-гномы в мифриловых свитерах с боевыми четырёхядерными ноутбуками, другая половина — вечно молодые эльфы-биологи в туниках с томами заклинаний под мышкой.

Проекты тоже разделились на два понятных класса — исследования и продукты, но благодаря особой игротехнической магии организаторов в каждом требовались и гномы, и эльфы. Так и случилось.

Я немножко опоздал в пятницу, ехал из Хамовников в Долгопу аж 2 с лишком часа, от чего слегка приуныл и подумывал даже не приходить в субботу вовсе. Однако матёрый сводник Петя Федин привёл меня в один из проектов, представил, и меня мгновенно затянуло.

Следующие два дня мы делали браузер патологических мутаций в обезличенных геномах пациентов по задачке от компании iBinom. Каждый геном представлял из себя полуторагигабайтный текстовый файл с описанием отличий какого-то конкретного человека от референса — искусственно созданного в лабораториях Выбегалло эталонного генома. Эти отличия и есть, если упрощать, мутации, и про многие из них накоплены исследования, в том числе об их связях с болезнями.

Команда у нас собралась довольно большая, нашлись и биологи, и врачи, и бэкендные программисты. Я по менеджерской привычке взялся всё это фасилитировать, а также закрывать пробелы в компетенциях. Так мне пришлось познакомиться с Bootstrap-ом, вспомнить jQuery и впоследствии сделать на всём этом не самый отвратительный фронтенд для рендеринга приходящей с сервера информации о геномах и мутациях.

Соседние команды в большинстве своём занимались магией ещё более высокого уровня. Классифицировали что-то очень важное на двух мощных видеокартах с помощью CUDA, составляли базы данных по препаратам, имеющим эффект борьбы со старением, топологически сортировали большие графы, рисовали филогенетические деревья, а также делали красивые презентации в Prezi. Надеюсь, что описания всех задач опубликуют.

Не буду пытаться станцевать тут об архитектуре состоянии потока, типичном для хороших хакатонов. Достаточно сказать, что во второй день я таки забыл пообедать. Хакатон получился великолепный, точно лучший из тех, где я был.

Кажется, что очень удачно сыграла именно вот эта междисциплинарность. Биологи с программистами скептически обнюхивали друг друга, удивлённо отмечая принадлежность к одному и тому же виду, а также возможность общаться и работать не просто помогая, но и открывая друг другу новые горизонты. Когда за парсингом сложного и грязного файла стоит задача поиска болезни, в сознании проскальзывает игрушечность повседневных задач по оптимизации конверсии аудитории в клики по рекламе. Когда вот эта сложная железка с небольшой сторонней помощью открывает тебе бездны возможностей по мгновенной обработке результатов тысяч экспериментов из тысяч лабораторий по всему миру, это окрыляет, позволяет смелее мечтать и замахиваться на большее.

Безусловно, у биоинформатики большое будущее. Страшная бигфарма вбухивает миллиарды в поиск новых арбидолов и оциллококцинумов, а ощутившие первые признаки старости сорокалетные миллиардеры готовы спустить все свои нефте- и гугло-состояния ради призрачной надежды отодвинуть смерть. Как прекрасно, что это позволяет пытливым эльфам от биологии с помощью деловитых гномов от программирования шире распахивать наши общие двери восприятия :)

Алексей Капранов

Текст перепечатан с согласия автора

Если вы нашли ошибку, пожалуйста, выделите фрагмент текста и нажмите Ctrl+Enter.

Поделиться

comments powered by HyperComments